Екипът от специалисти в отделението по гастроентерология е отдаден на ранната диагностика, неоперативни и медикаментозни терапии, както и превенция на болести на стомашно-чревния тракт.
Лекарите в отделението са специализирани в заболяванията на стомашно-чревния тракт, жлъчния мехур и панкреаса: язва на стомаха, на дванадесетопръстника, тумори, болестни състояния на чревния тракт и нарушения в храносмилането.
Прилагат се ендоскопски методи на диагностициране: гастроскопия или колоноскопия. При коремната хирургия лекарите в „Св. Панталеймон – София“ работят по лапароскопски метод, без разрез, което намалява престоя на пациентите в болницата до два дни.